Слова херня и хер не являются однокоренными.
Хер — это просто старое название буквы Х, то есть пошёл на хер, это как пошёл на Х. Своеобразный эвфемизм известного нецензурного слова.
Херня же — происходит от латинского hernia (грыжа). Страдать хернёй, значит болеть грыжей. Грыжу часто симулировали богатые мещанские дети, желающие уйти от военной службы. Крестьянам чтобы «страдать хернёй» чаще всего не хватало денег (да и желания).
Хорошего рабочего дня